Laboratory of Disease Ecology & Biogeography

Here a bunch of links that may help you... (more coming!)

 

Data:

 

GIS layers (vectors, rasters)

Country boundaries, states, municipalities, climate, elevation and more!

http://diva-gis.org/Data

http://www.gadm.org/

 

WorldClim (climate variables)

http://worldclim.org/

 

CliMond (climate variables)

https://www.climond.org/

 

Daily - climate data since 1979

http://globalweather.tamu.edu/

 

1 km Temp / pp /EVI

http://worldgrids.org/doku.php?id=wiki:layers

 

Gridded Population Data

http://sedac.ciesin.columbia.edu/gpw/global.jsp

 

US Census Bureau

USA http://www.census.gov/

Global http://www.census.gov/ipc/www/

 

UN

http://www.un.org/esa/population/unpop.htm

 

USA

http://www.census.gov/geo/www/

 

Remote sensing data: Alex Leroux

http://homepage.mac.com/alexandreleroux/arsist/

 

Remote sensing data: ITC

http://www.itc.nl/research/products/sensordb/AllSensors.aspx

 

Remote sensing data: ASTER (Advanced Spaceborne Thermal Emission and Reflection Radiometer)

http://asterweb.jpl.nasa.gov/

 

Remote sensing data:  SPOT (Satelite Pour Observation de la Terre)

NDVI 

http://www.vgt.vito.be/

 

Remote sensing data: FRAP Data

http://frap.cdf.ca.gov/data/frapgisdata/download.asp?spatialdist=6&rec=wadem10

 

Remote sensing data: GIS Data Depot

Data, news, papes y tools. 

http://data.geocomm.com/

 

Remote sensing data: USGS Global Visualization Viewer

http://glovis.usgs.gov/

 

Remote sensing data: GLCF - Global Land Cover Facility

Más de 27,000 imagenes Landsat, SRTM EM, MODIS y otros.

http://glcf.umiacs.umd.edu/index.shtml

 

Remote sensing data: LP-DAAC

Land Processes Distributed Active Archive Center, including MODIS and ASTER Data of the United States

http://edcdaac.usgs.gov/datapool/datapool.asp

 

Remote sensing data: Goddard DAAC FTP

http://daac.gsfc.nasa.gov/CAMPAIGN_DOCS/FTP_SITE/ftp_site.html

 

Remote sensing data: Landsat Pathfinder Program

http://edcdaac.usgs.gov/pathfinder/pathpage.asp

 

Tropical Rainforest Information Center

http://www.trfic.msu.edu/

 

Remote sensing data: Bio-Oracle

Current and future environements in seawaters

http://www.oracle.ugent.be/

 

Hydrology

http://rda.ucar.edu/

 

Species occurrences: SpeciesLink

http://splink.cria.org.br/

 

Species occurrences: VertNet

http://www.vertnet.org/

 

Species occurrences: GBIF

http://www.gbif.org/

 

Species occurrences: Arctos

http://arctos.database.museum/

 

Software

DIVA-GIS

GIS software

http://diva-gis.org/

 

GRASS GIS

GIS software

http://grass.itc.it/

 

Quantum GIS (QGIS)

GIS software

http://www.qgis.org/

 

EpiInfo

http://www.cdc.gov/epiinfo/

 

GARP

Ecological Niche Modeling  software

http://www.nhm.ku.edu/desktopgarp/index.html

 

OpenModeler

Ecological Niche Modeling  software

http://openmodeller.sourceforge.net/

 

Maxent

Ecological Niche Modeling  software

http://www.cs.princeton.edu/~schapire/maxent/

 

NicheA

Ecological Niche Modeling  software

http://nichea.sourceforge.net/

 

Tools

LoCoH

Minimun convex-poligon, works in ArcView 3.x and R

http://locoh.cnr.berkeley.edu/

 

Hawth - GME

Tool for spatial analyses in ArgcGIS

http://www.spatialecology.com/

 

PRISM

convert vector data (DEM, climate) to raster.

http://www.prism.oregonstate.edu/

 

Forrest Stevens

http://www.clas.ufl.edu/users/forrest/tools.html

 

Ken Rename

Manage and edit file names in batch

http://myprogramspace.blogspot.com/2008/07/krename-multi-file-rename-tool-v0.html

 

Tutorials

Biodiversity Informatics Training

Tutorials and courses on data collection and management, modeling, and public health applications:

http://biodiversity-informatics-training.org/

​

Ecological niche modeling and spatial epidemiology tutorials in Spanish:

Lecturas recomendadas

https://sites.google.com/site/nichesandareasofdistribution/

Guía para el curso realizado en México por Dr. Townsend Peterson and Dr. Jorge Soberón sobre el modelamiento de nicho ecológico.

​

Ecological niche modeling and spatial epidemiology tutorials in Spanish:

​Lecturas recomendadas

 

Videos recomendados

https://www.youtube.com/watch?v=PY7GABBLuLE

Curso realizado en México por Dr. Townsend Peterson and Dr. Jorge Soberón sobre el modelamiento de nicho ecológico.

 

 

Además un conjunto de videos del Dr. Townsend Peterson de su curso en Chile realizado en Julio de 2014:

Curso Aplicación de Modelos de Nicho Ecológico

Día 1:

1. Conceptos básicos: http://youtu.be/uSxpvaaZ8j4

2. Datos de ocurrencia: http://youtu.be/DBhkztSnXyo

3. Datos ambientales: http://youtu.be/tURr95O5d_I

 

Día 2:

1. Autocorrelación espacial: http://youtu.be/DB9KITkWCfo

2. M y S: http://youtu.be/0de1p7oC6BY

3. Configuración de BAM: http://youtu.be/TJxbRjIOVN4

 

Día 3:

1. Calibración de modelos: http://youtu.be/T1XbA-pp5M4

2. Umbrales: http://youtu.be/dzjUdi_Ysd0

3. Evaluación de modelos: http://youtu.be/t0VcBCZo17k

 

Día 4:

1. Transferencias de modelos: http://youtu.be/Pq9k-PkRvbM

2. Comparaciones de nichos: http://youtu.be/4vqHETKWaQ8

3. Literatura: http://youtu.be/0ybbJcCCDcs

 

Curso Enfermedades y modelos de Nicho:

Día 1: http://youtu.be/v9n6Obm1_lA

Día 2: http://youtu.be/u8VRExVJLQ0

Día 3: http://youtu.be/46JRYLgDKNQ

Día 4: http://youtu.be/Cz2guRP76so

Día 5: http://youtu.be/Hq4od5s9G8A

 

Materiales del curso (presentaciones, artículos, etc.) están en:https://www.dropbox.com/sh/wskgh3r23sfaixm/AABatYibWNgnH3r_aO1-OodSa.

​

 

Supplementary Material 1-3 from:

Rodriguez V, Poo-Muñoz DA, Escobar, LE, Astorga F, Medina-Vogel G. 2018. Livestock depredation by wildlife and management tools in Chile. Human-Wildlife Interactions. 00-00